Pendirian MAN Insan Cendekia Kota Kendari berawal dari kebutuhan sumber daya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi pada ilmu pengetahuan dan teknologi sejalan dengan keimanan dan ketakwaan. Prof.Dr.Ing.B.J.Habibie menginisiasi lewat BBPT membentuk STEP ( Science and Technology Equty Program) pada Tahun 1996,STEP melekatkan nama SMU Insan cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi serpong dan gorontalo Tahun 2000 BPPT melimpahkan pengelolaan SMU Insan cendekia pada Kementerian Agama. Pelimpahan pengelolaan tersebut, merubah nama SMU menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia. Meskipun demikian ciri dan karakter STEP tetap melekat.
MAN Insan Cendekia secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal, yaitu menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-Islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Upaya menuju keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, dan social adalah cita-cita yang hendak dicapai dari program pendidikan MAN Insan Cendekia, dengan model berasrama (boarding school) telah menunjukkan sejumlah keberhasilan yang menakjubkan dapat bersaing dengan sekolah pada umumnya.
MAN Insan Cendekia Kota Kendari mulai dirintis sejak Tahuj 2014 bermula dengan MoU antara Kementerian Agma RI dengan Pemerintah Kota Kendari.Sebagai tonggak sejarah pendirian MAN Insan cendekia Kota Kendari, maka pada hari senin, 10 Nopember 2014 ( 17 Muharram 1436 H), kemudian diperbaharui pada tanggal 07 november 2018. Pembangunan MAN Insan cendekia Kota Kendari yang beralamat di Kelurahan Baruga Kec. Baruga Kota Kendari Sulawesi Tenggara. MAN Insan Cendekia Kota Kendari mulai beroperasi dan melaksanakan penerimaan peserta didik baru terhitung tanggal 16 Juli 2016.
